Mehmet Eymür, Tuncay Güney ve Ergenekon davasıyla ilgili iddialara kendi sitesinde yanıt verdi: “Tuncay Güney’i tanımıyorum. Doğrudan ve dolaylı hiç bir ilişkim olmadı. Fettullah Gülen’i tanımam. Yakın çevresi ve cemaati ile hiç bir ilişkim olmadı. Cumhurbaşkanı Abdullah Gül ve Başbakan Erdoğan’ı tanımam. Siyaset ve siyasi partilerle ilişkim yok. Ergenekon soruşturmasını yürüten Savcı Zekeriya Öz’ü, yakın tarihte, ifademi almak için çağırdığı zaman tanıdım. Daha önceden hiç bir tanışıklığım olmadı.”
Eymür Güney’in kendi elemanı olmadığını da iddia etti: “Tuncay Güney, Eymür’ün elemanıymış! Bekledim, herkes içini boşaltsın diye...İhanet, cehalet, fabrikasyon, sulandırma, yönlendirme, önyargı, hepsi birden el ele. Desteksiz, manasız, insafsızca atıyorlar.”
Mehmet Eymür sitesinde “Köşeme çekilmiştim ama bana rahat vermediler” diye yazdı. Eymür meslektaşlarını da eleştirdi: “Belli ki MİT’teki yöneticiler bana kızmış. Nedenlerini tahmin edebiliyorum. Ama keşke bu kızgınlığı basın yoluyla değil, doğrudan bana söyleselerdi. Uyum gösterir, istedikleri gibi davranırdım. Keşke ‘Kontr Terör Merkezi’ni bu kızgınlığa alet etmeseler...”
