Tüm bu eleştirilere rağmen, Hatay Havaalanı projesi, 2001de ihaleye çıkarıldı. Aynı yıl Tema Vakfı, projenin iptali için dava açtı.
Dava sonucunda mahkeme, bilirkişi raporuna dayanarak yürütmeyi durdurdu.
İki yıl sonra proje için yeniden çevre etki değerlendirme raporu alınmasıyla inşaat çalışmaları yeniden başladı. Havaalanı, 4 yılda uçuşlara hazır hale getirildi.
Ulaştırma Bakanı Binali Yıldırım, havaalanıyla ilgili eleştirilere açılış töreninde cevap verdi. Bakan Yıldırım, uçuş emniyeti için gerekli tüm önlemlerin alındığını söyledi.
Hatay Havaalanına ilk uçuş, bürokratları ve habercileri taşıyan Türk Havayollarına ait Airbus A-321 tipi uçakla yapıldı.
İstanbul-Hatay arasında pazartesi, perşembe ve Cumartesi günleri karşılıklı seferler yapılacak.