Sabancı Üniversitesi, Bilgi Üniversitesi ve Boğaziçi Üniversitesi, Boğaziçi Üniversitesinin ev sahipliğinde 25-27 Mayıs 2005 tarihlerinde; İmparatorluğun Çöküş Döneminde Osmanlı Ermenileri: Bilimsel Sorumluluk ve Demokrasi Sorunları başlıklı konferansına siyasilerden gelen tepkiler, İzmirli sivil toplum örgütlerini harekete geçirdi.
İzmir İnsan Hakları Derneği ile Çağdaş Hukukçular Derneği tarafından yapılan açıklamada, 24 Mayıs 2005te TBMM Genel Kurulunda 3 milletvekili ve bir bakan gündem dışı söz alarak, konuya ilişkin açıklamalarda bulunmuşlar ve konferansın düzenleyici ve katılımcılarını tehdit ederek hedef gösterdikleri öne sürüldü. Açıklamada şu görüşlere yer verildi: Bu konuşma sonrası, gerek katılımcıların gerekse düzenleyicilerin alenen tehdit edilmesi nedeni ile konferans iptal edilmiştir. Bu devletin Adalet Bakanlığı koltuğunu işgal eden kişi yapmış olduğu tehdit ve tahkir açıklamaları ile; Türkiye Cumhuriyeti Anayasasının 2, 5, 10, 12/1, 13, 14, 17/1, 24/1, 25, 26, 27, 34 ve 38/10. maddeleri ihlal edilmiştir. Yine Anayasanın 90. maddesi uyarınca iç hukuk normu niteliğinde olan Düşünce ve ifade özgürlüğü ile ilgili; Birleşmiş Milletler, İnsan Hakları Evrensel Bildirgesinin 19. maddesi, Birleşmiş Milletler, Medeni ve Siyasi Haklara İlişkin Uluslararası Sözleşmenin 19. maddesi; İnsan Hakları ve Temel Özgürlüklerinin Korunmasına İlişkin Sözleşmenin 10. maddesinin 1. fıkrası; Avrupa Güvenlik ve İşbirliği Konferansı, Yeni Bir Avrupa için Paris Şartının ifade özgürlüğü ile ilgili kısmı, Avrupa İçin Bir Anayasa Oluşturan Antlaşmanın II-71. maddesinin 1. fıkrası ihlal edilmiştir.
Derneklerin ortak açıklamasında, Yetkili ve etkili kişilerin sorumlu da olması gerektiği düşüncesi ile, bir süredir yaşanan demokratik gelişmeleri içine sığdıramayan kişi ve kuruluşları, hazımlı ve sabırlı olmaya davet ediyoruz. Ayrıca, eylemi suç teşkil eden Cemil Çiçek hakkında Yargıtay Cumhuriyet Başsavcılığına gönderilmek üzere, suç duyurusunda bulunuyoruz. Kamuoyunu, bu tarz, gerici, totaliter anlayışlara karşı duyarlı olmaya çağırıyoruz denildi
İSTİFA ÇAĞRISI
Bazı sivil toplum örgütleri, Boğaziçi Üniversitesi ve Osmanlı Ermenileri Konferansına ilişkin açıklamaları nedeniyle Adalet Bakanı Cemil Çiçeki istifaya çağırdı.Aralarında Helsinki Yurttaşlar Derneği, İstanbul Tabip Odası, İHD, Mazlum-Der, Tarih Vakfı, Uluslararası Af Örgütü, Üniversite Öğretim Üyeleri Derneğinin de bulunduğu çok sayıda sivil toplum örgütü gerçekleştirilemeyen Osmanli Ermenileri konferansının düzenleyicilerine yönelik ithamlardan endişe duyduklarını açıkladı.
Açıklamaları nedeniyle Adalet Bakanı Çiçeki istifaya çağıran sivil toplum örgütleri, CHP milletvekili Şükrü Elekdağın hain proje türündeki ifadelerini de kaygı verici buldu.